用戶簡(jiǎn)介：

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哈爾濱師范大學(xué)坐落于素有“冰城夏都”美譽(yù)的歷史文化名城哈爾濱，是黑龍江省教育、藝術(shù)、人文社會(huì)科學(xué)和自然科學(xué)的重要人才培養(yǎng)基地和科學(xué)研究基地，是黑龍江省屬重點(diǎn)建設(shè)的高水平大學(xué)，是教育部本科教學(xué)工作水平評(píng)估優(yōu)秀學(xué)校。學(xué)校是國(guó)家“中西部高?；A(chǔ)能力建設(shè)工程”高校，是“十三五”時(shí)期國(guó)家重點(diǎn)支持建設(shè)的百所中西部本科院校之一?！?/span>

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學(xué)校成立于1951年，其前身是1946年我黨在東北解放區(qū)建立的松江省立行知師范學(xué)校，經(jīng)歷了哈爾濱師范?？茖W(xué)校（1951——1956）、哈爾濱師范學(xué)院（1956——1980）時(shí)期，1980年更名為哈爾濱師范大學(xué)。2000年呼蘭師范專科學(xué)校、黑龍江農(nóng)墾師范?？茖W(xué)校并入，2002年黑龍江省物資學(xué)校（黑龍江省物資職工大學(xué)）并入，組建成新的哈爾濱師范大學(xué)。

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應(yīng)用場(chǎng)景-用于分子動(dòng)力學(xué)模擬：

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大自然并不友善”---在紀(jì)錄世界各地瘟疫爆發(fā)過(guò)程的《逼近的瘟疫》一書(shū)中曾這樣提過(guò)。埃博拉、HIV、沙拉……這些病毒我們?cè)勚?，地球在孕育生命的同時(shí)，危險(xiǎn)也在悄悄潛伏，人類需要在病毒面前盡快找出可以攻克的藥物。分子動(dòng)力學(xué)模擬被廣泛的應(yīng)用在現(xiàn)代藥物開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)中，常被稱為人類戰(zhàn)勝病毒的“武器”。

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想要了解生命活動(dòng)過(guò)程并進(jìn)行針對(duì)性的藥物設(shè)計(jì)，僅僅知道病毒的基因序列是不夠的，折疊成三維立體構(gòu)像的活性蛋白質(zhì)及相關(guān)復(fù)合物才是關(guān)鍵，通過(guò)研究和分析相關(guān)蛋白質(zhì)，找到可以和藥物分子有特異性相互作用的靶點(diǎn)，才能最終成功開(kāi)發(fā)出可以治療這項(xiàng)疾病的藥物。

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分子動(dòng)力學(xué)模擬可以通過(guò)計(jì)算原子之間的相互作用，求解牛頓方程，來(lái)模擬體系中原子和分子的運(yùn)動(dòng)，它所產(chǎn)生的豐富構(gòu)像是解釋生命活動(dòng)現(xiàn)象、設(shè)計(jì)藥物分子所不可或缺的重要手段。

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分子動(dòng)力學(xué)模擬對(duì)高性能計(jì)算的需求：

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在分子動(dòng)力學(xué)模擬中，一般需要模擬微秒級(jí)或毫秒級(jí)的病毒或腫瘤蛋白折疊過(guò)程才能積累到足夠的樣本量，因此必須要用到高性能計(jì)算來(lái)進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬。但是，計(jì)算過(guò)程中各節(jié)點(diǎn)間的通訊、負(fù)責(zé)均衡等問(wèn)題都會(huì)對(duì)高性能計(jì)算在分子動(dòng)力學(xué)模擬中的應(yīng)用產(chǎn)生影響。

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天翱解決方案：?

計(jì)算節(jié)點(diǎn)選擇天翱RS272-H8，RS272-H8是天翱公司推出的一款支持AMD最新Rome多核處理器超算產(chǎn)品，支持AMD EPYC? 7002 Series系列CPU。
計(jì)算節(jié)點(diǎn)采用雙路EPYC? 7742處理器，256G DDR4 2933內(nèi)存， 處理器擁有強(qiáng)勁的128核256線程處理能力，支持DDR4 3200 MHz Registered ECC內(nèi)存，最高可支持4TB內(nèi)存。

管理節(jié)點(diǎn)采用RS272-S8服務(wù)器，RS272-S8采用雙路AMD EPYC? 7002 Series系列處理器，最多可以支持4TB內(nèi)存，熱插拔硬盤(pán)?？紤]到節(jié)點(diǎn)數(shù)據(jù)存取比較頻繁的特點(diǎn)，內(nèi)存擴(kuò)展為128G，硬盤(pán)擴(kuò)展為多塊熱插拔SSD硬盤(pán)，組成陣列。管理節(jié)點(diǎn)同時(shí)也是用戶登陸節(jié)點(diǎn)。網(wǎng)絡(luò)方面，采用雙網(wǎng)模式。計(jì)算網(wǎng)用于并行計(jì)算時(shí)的數(shù)據(jù)交換和計(jì)算通訊，無(wú)論是通信次數(shù)還是通信量都很大，對(duì)網(wǎng)絡(luò)的延遲和帶寬都有較高的要求。針對(duì)這一特點(diǎn)我們采用Infiniband網(wǎng)絡(luò)作為計(jì)算網(wǎng)絡(luò)，Infiniband技術(shù)是采用RDMA傳輸機(jī)制實(shí)現(xiàn)了低遲，高帶寬的新型網(wǎng)絡(luò)標(biāo)準(zhǔn)，在數(shù)據(jù)存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)中加入infiniband和計(jì)算節(jié)點(diǎn)管理節(jié)點(diǎn)進(jìn)行互聯(lián)，滿足應(yīng)用的需要。而管理節(jié)點(diǎn)主要是進(jìn)行一些必要的計(jì)算節(jié)點(diǎn);數(shù)據(jù)存儲(chǔ)系統(tǒng)管理、監(jiān)控、登入等管理，同時(shí)又作為數(shù)據(jù)傳輸網(wǎng)絡(luò)的備份，對(duì)網(wǎng)絡(luò)性能的要求不高，千兆網(wǎng)絡(luò)即可滿足。

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天翱 RS272-H8 高性能計(jì)算來(lái)進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬方式的同時(shí)，顯著高性能計(jì)算模擬能力，可支持教學(xué)機(jī)構(gòu)對(duì)教學(xué)質(zhì)量進(jìn)行高效分析，促進(jìn)教學(xué)改進(jìn)以及優(yōu)化教學(xué)內(nèi)容，?更適用于各種虛擬化解決方案、大數(shù)據(jù)分析、以及其他需要更高靈活性、更高性能、更大存儲(chǔ)能力的應(yīng)用場(chǎng)景。也廣泛的應(yīng)用在現(xiàn)代藥物開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)中，為人類找出戰(zhàn)勝病毒的“武器”。